El laboratorio del Instituto de Genómica Innovadora (IGI, por sus siglas en inglés) lanzó CasPEDIA, una nueva herramienta de recursos que ayudará a investigadores de todo el mundo a ordenar sus desarrollos con base en la experiencia previa. Desde de la edición génica CRISPR-Cas9 en 2012, el conjunto de herramientas se ha ampliado con docenas de enzimas Cas y variantes disponibles para los investigadores.

La plataforma CasPEDIA es un recurso de búsqueda en línea que proporciona información resumida sobre las enzimas Cas de clase 2. La información está organizada en formato wiki e incluye propiedades bioquímicas, usos previamente establecidos y aplicaciones previstas. CasPEDIA también ofrece un sistema de clasificación, CasID, para ayudar a facilitar la comparación directa de diferentes enzimas.

La plataforma es una base de datos en constante actualización que sirve como recurso para la comunidad científica, ya que para algunos investigadores, la información anterior puede ser todo lo que necesita para comenzar su experimento de segmentación. Sin embargo, pueden surgir muchas situaciones en las que aún necesite más información. Si está realizando una administración viral de Cas, sería útil conocer el tamaño de la proteína para conocer las limitaciones de empaquetamiento viral.

Las entradas de CasPEDIA incluyen las siguientes informaciones para una enzima Cas: propiedades de la nucleasa (CasID): actividad Cis/trans, requerimiento de PAM, ARNg y capacidad de multiplexación; directrices experimentales y aplicaciones; estructura y propiedades de las proteínas; y enlaces a recursos relevantes.

CasPEDIA funciona como los motores de búsqueda, con una herramienta de barra de búsqueda general y una opción de búsqueda avanzada. Para una búsqueda general, los usuarios escriben las palabras clave del identificador (nombre de Cas, ID de RefSeq, etc.) para ver una tabla de resultados de entrada de proteínas. Para las opciones de búsqueda avanzada, hay disponibles una serie de menús desplegables.

Fuente: ISAAA